Die albanischen Gebiete liegen an der Nahtstelle zwischen Ost- und Westrom und damit auch an der Grenze zwischen griechischer und lateinischer Kirche. Das Konzil von Nizäa unterstellte ganz Illyrien 325 dem römischen Patriarchat. 431 nahm Eucarius, der Erzbischof von Durrës, am Konzil von Ephesos teil. Durch die römische Reichsteilung kam der größere südliche Teil des Landes mehr und mehr in den Einflussbereich der oströmischen Kirchenpolitik. Die Liturgie war byzantinisch geprägt. Der Norden (Praevallis) gehörte dagegen meist zum päpstlichen Machtbereich und war später der lateinischen Kirchenprovinz von Bar zugeordnet.
927 musste das Byzantinische Reich das bulgarische Patriarchat anerkennen und die meisten Bistümer im Inneren Albaniens kamen unter dessen Kontrolle. Durrës wurde aber weiterhin vom Ökumenischen Patriarchat in Konstantinopel kontrolliert. 1018 endete diese Epoche mit der Zerschlagung des Bulgarischen Reiches durch die Byzantiner.
Das große Schisma von 1054 wirkte sich erst nach und nach in Albanien aus. Die Einheit der Metropolie Durrës blieb vorerst erhalten. Je nach den politischen Machtverhältnissen wurde der erzbischöfliche Stuhl entweder von einem Lateiner oder von einem Griechen eingenommen. Die endgültige Trennung mit konkurrierenden Hierarchien erfolgte erst im Laufe des 13. Jahrhunderts.
Nach der osmanischen Eroberung Albaniens kam der Islam als dritte Religion der Albaner hinzu. Die Muslime waren bald die Mehrheit unter den Albanern. Die Osmanen unterstellten die orthodoxen Diözesen Albaniens dem autokephalen Erzbistum von Ohrid, das von ihnen lange Zeit protegiert wurde. Aus Südalbanien wanderten wegen des türkischen Drucks im 15. und 16. Jahrhundert viele Christen nach Süditalien aus. (Vgl. Italo-albanische Kirchen) Im Land selbst machte sich aber im 17. Jahrhundert eine Art Renaissance der orthodoxen Kirche, die von den Türken nicht wie die katholische verfolgt wurde, bemerkbar. Viele Kirchenruinen wurden wiederhergestellt. Zuletzt wurde 1797 die Kathedrale von Berat neu aufgebaut. Mit der Aufhebung der Autokephalie Ohrids durch den Sultan, kehrten die orthodoxen Albaner 1766 unter die Jurisdiktion des ökumenischen Patriarchats zurück.
Die orthodoxen Christen auf dem Gebiet des heutigen albanischen Staats waren noch im 19. Jahrhundert eng mit der griechischen Kirche verbunden. Der Klerus war zum großen Teil griechischer Nationalität und im Gegensatz zu den Muslimen und Katholiken gab es unter den Orthodoxen viele Angehörige nationaler Minderheiten, in erster Linie Griechen aber auch Aromunen und Mazedonier. Während die muslimischen und katholischen Albaner zeitweise in der albanischen Nationalbewegung - Rilindija (=Wiedergeburt) - zusammenarbeiteten, die 1912 die Unabhängigkeit Albaniens erreichte, wollte die Mehrheit des orthodoxen Klerus eine Vereinigung Südalbaniens mit Griechenland herbeiführen.
Erste Anfänge einer unabhängigen albanischen Kirchenorganisation entstanden in den USA unter den albanischen Einwanderern, die sich von den Griechen unterdrückt fühlten. Im Jahr 1908 wurde der spätere Bischof von Korça, Fan Noli, von Platon, dem russisch-orthodoxen Erzbischof von New York, zum Priester geweiht. Im selben Jahr feierte Fan Noli in Boston erstmals die Liturgie in albanischer Sprache. 1919 wurde Noli zum Bischof der Albanisch-Orthodoxen Kirche in Amerika ernannt, die eine eigenständige Diözese unter dem Ökumenischen Patriarchen bildete.
Erst nach dem Ersten Weltkrieg bekamen nationalalbanische Ansichten innerhalb der orthodoxen Kirche eine größere Bedeutung. Vorläufig verhinderten aber die Ökumenischen Patriarchen Gregorios VII. und Konstantin VI. die Entstehung einer autokephalen albanisch-orthodoxen Kirche, die auch der albanische Staat anstrebte. 1921 wurden die vier griechischstämmigen Bischöfe des Landes verwiesen. Vor allem die griechische Liturgiesprache wurde abgelehnt. 1929 erklärte sich die albanisch-orthodoxe Kirche einseitig für autokephal und ernannte Archimandrit Bessarion Juvani zu ihrem Metropoliten. Weitere griechische Priester und der Vertreter des Ökumenischen Patriarchen wurden ausgewiesen, nachdem Konstantinopel alle albanischen Bischöfe für abgesetzt erklärt hatte. Erst 1937 kam es zur offiziellen Anerkennung der albanischen Autokephalie durch Patriarch Benjamin. Im selben Jahr wurde ein Priesterseminar in Korça eingerichtet.
Die italienische Besatzungsmacht versuchte, die albanische Orthodoxie während des Zweiten Weltkriegs zum Anschluss an die katholische Kirche zu bewegen. Sie sollte sich mit den unierten Italo-Albanischen Bistümern vereinigen. Die Orthodoxen widerstanden diesem Zwang, bis die italienische Herrschaft in Albanien 1943 zusammenbrach.
Mit der Machtübernahme der Kommunisten unter Enver Hoxha 1944 wurde die Kirche erneut unterdrückt. Die Orthodoxen glaubten zu dieser Zeit noch, sich auf irgendeine Weise mit dem neuen Regime arrangieren zu können. Spätestens als die Kommunisten im Jahr 1949 Erzbischof Cristoforo Kissi absetzten, erwies sich diese Annahme als Illusion. Die albanische Regierung ließ dann Paisios Vodica zum neuen Oberhaupt der albanischen Kirche wählen. Das Patriarchat von Konstantinopel hat diesen Eingriff in die kirchliche Autonomie erst nach dem Tod Kissis 1958 anerkannt. Schon in den 1950er nahm der Druck des Regimes auf die orthodoxe Kirche immer mehr zu. Eine Kirche nach der anderen wurde durch die Behörden geschlossen, Gottesdienste und die Spendung der Sakramente immer häufiger verhindert, Priester ins Gefängnis geworfen. Der 1966 gewählte Erzbischof Damian Kokonesi wurde schon ein Jahr nach seinem Amtsantritt verhaftet und starb im November 1973 achtzigjährig im Gefängnis.
Als Albanien 1967 zum atheistischen Staat erklärt wurde, waren die kirchliche Hierarchie und die Institutionen der Orthodoxie praktisch schon zerschlagen. Nun wurden die verbliebenen Kirchen geschlossen und die letzten noch in Freiheit lebenden Priester kamen ins Gefängnis. Viele saßen im Lager Borsh an der Küste des Ionischen Meeres ein.
Ab Herbst 1990 konnten wieder öffentliche orthodoxe Gottesdienste zelebriert werden.
Christus-Ikone aus Labova e Kryqit (18. Jhdt.)
Kanzel (Labova e Kryqit)
